Расширенная функция создания каталога. Она создает каталог беря все атрибуты от каталога указанного как шаблон в том числе и атрибуты секретности.

BOOL CreateDirectoryEx
(
  LPCTSTR lpTemplateDirectory,               // каталог шаблон
  LPCTSTR lpNewDirectory,                    // имя нового каталога
  LPSECURITY_ATTRIBUTES lpSecurityAttributes // атрибут безопасности
);

В случае успешного выполнения вернет ненулевое значение. Посмотреть как это работает можно так, вот код:

// TestAPI.cpp : Defines the entry point for the console application.
//

#include "stdafx.h"
#include "windows.h"
#include "iostream.h"


void main()
{
if (CreateDirectoryEx("c:\\temp","c:\\new",NULL))
{
	cout << "directory create" << endl;
}
else cout << "error create directory" << endl;
}

Устанавливаем у каталога temp атрибут только чтение. Запускаем программу и смотрим атрибуты у вновь созданной папки.

Атрибут сохранился. Только не забудьте с temp снять атрибут "только для чтения", а то могут быть неприятности.